CRM系统与组织架构的配合，是企业在实施CRM项目时首先必须开展的工作，是在企业中应用CRM其他子系统的基础。一个适合企业新的组织体系和整合的业务流程的系统架构，对于CRM项目实施的全过程具有至关重要的意义。
在设计CRM的系统架构时，应当进行企业的结构化系统分析，这也是系统开发和组织重构的第一步。
结构化系统分析是在CRM项目实施中，对企业组织各部门、各种业务及其处里过程详细调查了解的基础上，提出CRM系统和企业组织的新逻辑方案的工作。这个方案的实施中，将包括下述工作的汇总：组织结构分析与功能调查分析；业务流程调查分析；数据与数据流程调查分析。通过这些调查分析工作，将获得以下成果。
(1) 对系统组织和子系统的划分结果。要调查企业的现行组织结构、“领导关系；囱资与资金的流程、信息的流程、业务分工等情况，进行组织与功能的配比分析，求多方意见，划分出组织系统图表。
(2) 对系统业务流程分析整理的结果。要全面细致地了解整个企业基于各个职能部门的业务及其流程，并对各种业务的输入、输出、处理过程，以及处理的速度、数量、 魂刁查墓；廷亭宰矛翱细图例做出业务流程图(transaction flowdiagram, TFD).
(3) 对数据及数据流程分析整理的结果。了解企业的各类报告、报表、票据及计划、资料等系统数据，查清其来源、去向及处理方法和过程，得到完整的数据结陶和数据流程图(data flow diagram，DFD)。
(4) 对具体业务操作过程，的管理模型和方法分析整理的初步结果。在对企业的组织体系、，管管理功能和数据流程都作了详细的了解、分析并取得初步的图表等结果后，对CRM系统就必须进一步开展结构化、系统化的分析，一方面能检查出原有工作的缺点和不足，另一方面能设计出新系统的方案。开展这种分析的有力工具就是功能／数据分析。功能／数据分析是IBM公司最早提出的一种系统化的聚类分析方法，是通过建立一个二维的U/C矩阵，设计根据所分析内容为纵横方向坐标和变量的表格，对系统进行全面的划分，逐个确定每一个功能项和每一个数据类，将它们间的联系用U (use) /C (create)（即产生／使用）来表示。U/C矩阵建立后一定要进行正确性检验，主要有完备、一致和无冗余三个方面的要求，即达到每一个功能项都必须有产生或使用，每一个数据类都必有且仅有一个产生者和至少一个使用者。最后对此矩阵求解，即基于子系统的划分应相互独立且内部凝聚性高的原则，对系统结构优化的一种聚类操作，皇靠近，然后以“C”元素为标准划分子系统，这样划分出的子系统独立性和凝聚性都是好的，它可以不受干扰地独立运行，同时能对相关功能给矛积极的支持。